报告题目：Large Scale Biomolecular Modeling with IBM Blue Gene

报告人：周如鸿 研究员

时间：2012年9月12日 下午2：30

地点：703栋4楼3401生物医学研究院学术报告厅

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周如鸿研究员简介

   IBM Watson 研究中心软物质科学实验室主任，高级研究员，哥伦比亚大学化学系兼职教授。他于1997年获得哥伦比亚大学化学博士学位。在分子动力学理论模拟蛋白质结构，功能，与动态过程;纳米尺度受限水的特殊性质; 以及纳米颗粒与蛋白质相互作用等领域成就卓著。拥有或已申请16项专利。在权威学术刊物如Science，Nature，PNAS，JACS等刊物发表学术论文120余篇，SCI引用3600余次。应邀在世界各地大学、研究机构和国际学术会议上做邀请报告 150余次。其研究工作多次在美国有线电视新闻网（CNN），《自然-亚太》（Nature – Asia Pacific），生物信息技术世界（Bio-IT World），英国的《新科学家》（New Scientist），《化学世界》(Chemical World)， 和《中国科学》等国际著名期刊和网站报道。曾获全美化学学会计算化学奖 (DEC Award)，IBM杰出科技贡献奖 (2005，2008)，IBM杰出创新奖 (2012)。2009年以IBM蓝色基因组主要成员之一荣获美国国家技术创新总统奖 （National Medal on Technology and Innovation)。周如鸿教授是《Current Physical Chemistry》主编，《Nanoscale》特邀客座主编，也是《Molecular Simulation》，《Current Bioinformatics》等六家国际期刊的编委。同时担任美国化学界久负盛名的Telluride科学研究中心董事 (Board Director)。周如鸿教授于2011年当选美国科学促进会会士 (AAAS Fellow)，美国物理学会会士(APS Fellow)，并于2012年入选IBM全球八大研究院“将对IBM，对世界，可能产生最重大影响”的五名科学家之一。

代表性论文：

Science, 305, 1605-1609, 2004

Nature, 437, 159-162, 2005

Nature Commun. 3, 968, 2012

(Nature) Sci. Rep. 2, 569, 2012

Proc. Natl. Acad. Sci, 109, in press, 2012

Proc. Natl. Acad. Sci, 108, 16968-16973, 2011

Proc. Natl. Acad. Sci. 108, 10514-10519, 2011

Proc. Natl. Acad. Sci. 106, 18120-18124, 2009

Proc. Natl. Acad. Sci., 105, 16928-16933, 2008

Proc. Natl. Acad. Sci., 104, 3687-3692, 2007

Proc. Natl. Acad. Sci., 104, 5824-5829, 2007

Proc. Natl. Acad. Sci. 100, 13280-13285, 2003

Proc. Natl. Acad. Sci. 99, 12777-12782, 2002

Proc. Natl. Acad. Sci. 98, 14931-14936, 2001

Large Scale Biomolecular Modeling with IBM Blue Gene

Ruhong Zhou

Computational Biology Center, IBM Thomas J. Watson Research Center, Yorktown Heights, NY 10598, and Department of Chemistry, Columbia University, New York, NY 10027

Abstract

“How does a protein fold and interact with other molecules?” still remains largely a mystery in molecular biology despite extensive studies from both experimental and theoretical approaches. In this talk, I will present some of our recent work with massively parallel computer simulations using IBM Blue Gene, including single mutation effects on protein misfolding and aggregation, nanoscale dewetting transition in protein complex folding, water nanopore design with carbon nanotubes, influenza antigen-antibody and antigen-receptor binding, as well as protein-nanoparticle interactions. These large scale simulations reveal detailed molecular mechanisms on protein folding/misfolding, protein-protein and protein-nanoparticle interactions. This talk will also briefly describe the IBM Blue Gene Project, including its hardware, system software, and application science programs.